Untuk memenuhi kebutuhan akan lulusan dibidang Teknik di daerah pantura terutama untuk wilayah Karisidenan Pati, maka pada tahun 1997 didirikan Fakultas Teknik Univeristas Muria Kudus berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 48/DIKTI/Kep/1997 tanggal 14 Maret 1997 yang ditanda tangani oleh Prof. Dr. Bambang Suhendro. Pada saat berdiri, Fakultas Teknik membuka 2 program studi yaitu : Program Studi Teknik Mesin (D3) dan Program Studi Elektro (D3) berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 48/DIKTI/Kep/1997.

Pada tahun 2002 Fakultas Teknik membuka program studi baru, yaitu Sistem Informasi dengan jenjang Strata I (S1) berdasarkan ijin penyelenggaraan dari Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 1324/D/T/2002. Pada tahun 2008 berdiri Fakultas Teknik membuka kembali 2 program studi baru yaitu : program studi Teknik Informatika dan Teknik Elektro berdasarkan Surat Keputusan Dirjen DIKTI No. 2945/D/T/2008.

Pada tahun 2009 jenjang D3 Program Studi Elektronika ditutup, karena pada saat itu minat mahasiswa baru cenderung untuk jenjang Srata1 (S1), sehingga berkurangnya jumlah pendaftar di jenjang D3 Teknik Elektronika dan tidak memenuhi kuota. Pada tahun 2012 kembali dibuka program studi baru yaitu Teknik Mesin Strata 1 (S1) berdasarkan Keputusan Dirjen DIKTI No. 132/E/O/2011.

Periode Kepimpinan Fakultas Teknik

1. 1997-1999: Drs. Suatmodjo
2. 2000-2003: Ir. Moh. Munir, M.Si
3. 2004-2007: Ir. Moh. Munir, M.Si
4. 2008-2011: Sugeng Slamet, ST, MT
5. 2012-2015: Rochmat Winarso, ST, MT
6. 2016-2019: Mohammad Dahlan, ST, MT
7. 2020-Sekarang: Mohammad Dahlan, ST, MT